Las infecciones diarreicas agudas (IDA) causan una elevada morbimortalidad en la población general y constituyen un problema de salud para los países en vías de desarrollo. Este estudio tuvo como objetivo identificar los agentes bacterianos y coccidios intestinales causantes de IDA. Se investigaron 392 muestras de heces obtenidas en pacientes del Instituto Salvadoreño del Seguro Social desde septiembre de 2009 hasta septiembre de 2010. Se seleccionaron heces con una consistencia de blanda a liquida, en las cuales, en un estudio microscópico previo no se les identificó coccidios. Los enteropatógenos se identificaron por métodos convencionales y los coccidios intestinales mediante coloración de Ziehl Neelsen. La susceptibilidad antibacteriana se determinó por los métodos de difusión en agar con discos y microdilución en agar. Mediante la prueba de proporciones se compararon los porcentajes obtenidos. La identificación de enteropatógenos fue baja (2,8%). Predominó la causa bacteriana (54,6); aunque en 45,4% muestras se diagnosticaron coccidios intestinales. Prevaleció Morganella morganii (36,4%), seguida por Vibrio parahaemolyticus (18,2%), ambas con 100% de sensibilidad a ciprofloxacina, gentamicina y trimetoprim-sulfametoxazol. Todos los aislamientos de V. parahaemolyticus (100%) y 50% de M. morganii fueron resistentes a la ampicilina y tetraciclina, respectivamente. No se detectó multirresistencia. Los coccidios identificados fueron Cyclospora cayetanensis (18,2%), Cryptosporidium spp (18,2%) e Cytoisospora belli (9,0%). Por primera vez, en esta unidad medica, V. parahaemolyticus y M. morganii constituyeron los únicos agentes causales de IDA. La alta resistencia frente a la ampicilina corrobora la necesidad de crear estrategias para la vigilancia y el establecimiento de una correcta política antimicrobiana en los pacientes con IDA.